La Sociedad está articulada en 13 Grupos de Trabajo, centrados en diversos aspectos y cultivos de gran relevancia en la Horticultura y la Fruticultura en nuestro país. Cada socio puede adscribirse a los Grupos de Trabajo que sean de su interés.

Entre las actividades que organiza cada grupo de trabajo se encuentran las Jornadas, los Congresos Nacionales y los Congresos Ibéricos en colaboración con la Asociación Portuguesa de Horticultura. Todas éstas actividades han conseguido una progresiva integración de la SECH en la comunidad científica nacional e internacional.